Bước sang thời kỳ Đổi Mới của thập niên 1990 tại Việt Nam, mặc dù Hòa thượng Thích Đôn Hậu lúc đó là Phó pháp chủ[cần dẫn nguồn] kiêm Giám Luật Hội đồng Chứng minh của Giáo hội Phật giáo Việt Nam, nhân danh Viện Tăng thống, trụ trì chùa Thiên Mụ của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, ông hiệu triệu Phật tử Việt Nam toàn cầu khôi phục lại Giáo hội dưới hiến chương 1964.[18][24] Chúc thư ông đề ngày 15 tháng 11 năm 1991.[25] Hòa thượng Thích Huyền Quang tiếp nhiệm năm 1991 làm Xử lý Viện Tăng thống khi Hòa thượng Đôn Hậu viên tịch; năm 2003 Thích Huyền Quang được tôn là Đệ Tứ Tăng thống và càng phấn đấu hơn để phục hoạt Giáo hội Thống nhất kể cả việc đối đầu với chính phủ Việt Nam.[18] Vì thực hiện và phổ biến Di chúc hòa thượng Thích Đôn Hậu, chư Tăng chùa Linh Mụ bị đàn áp dữ dội, đưa tới cuộc biểu tình bốn mươi nghìn Phật tử Huế xuống đường ngày 24 tháng 5 năm 1993 đòi hỏi nhân quyền và tự do tôn giáo. Đây là cuộc biểu tình lớn nhất chưa hề có dưới thể chế nước Cộng Hòa Xã Hội Chủ Nghĩa Việt Nam[15].

Hoạt động quốc nội

Giáo hội đòi hỏi toàn quyền hoạt động ngoài sự chỉ đạo của chính phủ[18] nhưng không được. Điển hình là tháng 5 năm 1994 khi giáo hội tổ chức cứu trợ đồng bào tỵ nạn bão lụt miền Tây thì chính quyền ra lệnh bắt phái đoàn gồm 60 tăng ni và 300 Phật tử. Trong vụ này Hòa thượng Thích Quảng Độ bị kết án năm năm, Thượng tọa Thích Không Tánh, Thích Nhật Ban và cư sĩ Nhật Thường bị ba đến năm năm tù.

Vì đã mất cơ sở cũ, Giáo hội lấy tu viện Nguyên Thiều ở Bình Định, nơi trụ trì của Đức Tăng thống và thiền viện Thanh Minh ở Phú Nhuận, nơi trụ trì của Viện trưởng Viện Hóa đạo để điều hành sinh hoạt.

Mặc dù ngày 2 tháng 4 năm 2003, Thủ tướng Phan Văn Khải tiếp Hoà thượng Thích Huyền Quang, xin Hòa thượng hỉ xả cho chuyện đã qua, vì cán bộ cấp địa phương làm sai. Thế nhưng, Giáo hội tiếp tục bị đàn áp, sách nhiễu thường trực. Mọi hoạt động của 20 Ban Đại diện Giáo hội tại các tỉnh thành đều bị ngăn cấm. Chùa Giác Minh của Hoà thượng Thanh Quang ở Đà Nẵng bị phong toả thường trực, các Đại lễ Phật Đản, Vu Lan hay Tết bị ngăn cấm tổ chức.[15]

Hoạt động ở hải ngoại

Năm 2007 Giáo hội cũng đặt thêm Văn phòng II Hải ngoại tại Hoa Kỳ để điều hành nhiệm vụ ngoài nước.[27] Trụ sở đặt ở chùa Điều Ngự thuộc thành phố Westminster, California.[28] Ở Âu châu có hội đồng điều hành khác do Hòa thượng Thích Minh Tâm chủ tọa.[26]

Những ngày lễ Phật giáo Giáo hội đều tổ chức nghi lễ, nhất là lễ Phật đản thì có diễn hành xe hoa trên đường phố.[29]

Ngoài hoạt động Phật sự, Giáo hội còn lên tiếng về những vấn đề xã hội trong cũng như ngoài nước như lời tuyên cáo lập trường về hành động xâm lấn của Trung Quốc ở Biển Đông vào Tháng Sáu năm 2011.[30]

Sự kiện Giáo chỉ số 9

Vào cuối năm 2007, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất lại có sự chia rẽ và phân hóa sâu sắc sau khi Đại lão Hòa thượng Thích Quảng Độ, để thi hành Giáo chỉ số 9 của Đức Đệ Tứ Tăng thống Thích Huyền Quang, đã ra bản Thông bạch thành lập cơ cấu mới của Giáo hội tại Hoa Kỳ, Canada, Âu châu, Úc châu và New Zealand gồm những thành viên mà ông cho là trung kiên theo đường lối dân tộc và Phật giáo của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, nhiều thành viên cũ bị loại bỏ.[31] Tại hải ngoại, phản ứng của một số tăng ni Phật tử thì cho rằng Giáo chỉ số 9 là tiếm xưng.[32] Nội dung giáo chỉ số 9 và thông bạch xuất hiện vào năm 2007-2008 loại bỏ hầu hết tăng ni Phật tử hải ngoại ra khỏi giáo hội, chỉ còn một vài cơ sở như chùa Diệu Pháp tại Californium (Thích Viên Lý trụ trì), phòng thông tin Phật giáo quốc tế (do Võ Văn Ái làm giám đốc), chùa Như Lai (Thích Chánh Lạc), Chùa Pháp Vân (Thích Hộ Giác và Giác Đẳng) và Thích Thiện Tâm ở Canada.

Sự kiện Giáo chỉ số 10

Sự kiện Thông bạch năm 2008, đến năm 2012 - 2013 xảy ra sự kiện Hòa thượng Thích Quảng Độ gọi Thích Chánh Lạc là vị tăng phạm trọng giới, và yêu cầu tẩn xuất vị này khỏi giáo hội. Tuy nhiên nhiều thành viên của giáo hội tại Hải ngoại như hòa thượng Thích Viên Định (viện trưởng Viện Hóa đạo), Thích Viên Lý (Chủ tịch văn phòng II - văn phòng Hải ngoại) không đồng ý, thậm chí còn muốn đưa Thích Chánh Lạc làm Cố vấn Văn phòng II, thay vị trí của hòa thượng Thích Hộ Giác mới viên tịch. Vì mâu thuẫn quá lớn này, ngày 30 tháng 8 năm 2013, Hòa thượng Thích Quảng Độ thông báo Cáo bạch từ nhiệm chức vụ Tăng thống. Nhưng đến ngày 4 tháng 9 ông lại nhận lại chức vụ Tăng thống.

Ngày 9 tháng 12 năm 2013, Hòa thượng Thích Quảng Độ ra Giáo chỉ số 10 thông báo chấm dứt chức vụ Viện trưởng Viện Hóa đạo của Thích Viên Định, Chủ tịch Văn phòng II của Thích Viên Lý với lý do bất tuân Tăng thống, đồng thời bổ nhiệm nhân sự mới. Thành viên giáo phẩm của Giáo hội còn lại rất ít người.[33]

Năm 2014, Thích Viên Định, Thích Viên Lý và một số người bất mãn khác cho rằng Tăng thống Thích Quảng Độ đã vượt quá quyền hạn Tăng thống, nên đã thành lập Tăng đoàn Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, tách khỏi giáo hội. Tăng đoàn tôn Hòa thượng Thích Thiện Hạnh (tại Huế) làm Thượng thủ, Thích Chánh Lạc làm Chủ tịch Hội đồng giáo phẩm, Thích Viên Định làm Viện trưởng Hội đồng điều hành. Như vậy sau hai sự kiện Giáo chỉ số 9 và số 10, cùng với thực tế là các Giáo hội PGVNTN tại châu Úc, Mỹ, châu Âu đã hoạt động có tính độc lập, thì GHPGVNTN gần như không còn hoạt động nào rõ ràng từ sau năm 2014.

Trong di chúc hòa thượng Thích Quảng Độ đề cử hòa thượng Thích Tâm Liên vào vị trí Xử lý Thường vụ Viện tăng thống, để sau khi ông qua đời có thể tiếp tục vị trí Tăng thống. Tuy nhiên vào tháng 10 năm 2018, hòa thượng Thích Quảng Độ bị gây sức ép để rời khỏi Thanh Minh thiền viện, nơi ông đã ở từ năm 1998, và trước khi rời khỏi thiền viện, ông đã ký quyết định bãi truất đề cử này, cùng với bãi nhiệm chức vụ Tổng thư ký Viện Hóa đạo của cư sĩ Lê Công Cầu.[34]>